Ojciec Pio przede wszystkim doradzał modlitwę indywidualną. Modlitwę, która jest rozmową duszy, modlitwą serca z Panem Bogiem. Kiedy Pan Jezus uczył nas, jak się modlić, mówił:
"Kiedy się módlcie, mówcie:

Ojcze nasz, któryś jest w niebie,
święć się imię Twoje;
przyjdź Królestwo Twoje;
bądź wola Twoja jako w niebie, tak i na ziemi.
Chleba naszego powszedniego daj nam dzisiaj;
i odpuść nam nasze winy, jako i my odpuszczamy naszym winowajcom;
i nie wódź nas na pokuszenie,
ale nas zbaw ode złego.

On nie mówił Mój Ojcze..., chciał, abyśmy zawsze odczuwali zjednoczenie z innymi.
Osoba, która się modli, jest zawsze chrześcijaninem, który modli się w grupie. Chrześcijanin jest członkiem Mistycznego Ciała Chrystusa, jest członkiem Kościoła; dlatego, kiedy się modli, modli się w komunii z innymi.

Ojciec Pio mówił słowami św. Augustyna:
"Twoja dusza nie jest już twoja, lecz należy do twoich braci, dusze twoich braci i twoja dusza stają się jedną w modlitwie: duszą Chrystusa, duszą Kościoła".

Modlić się, to znaczy trwać w obecności trzykroć świętego Boga, w komunii z Nim i z bliźnimi. Ta komunia życia jest zawsze możliwa, gdyż przez chrzest staliśmy się jedno z Chrystusem. Jest absurdem mówić Boże Ojcze i Ojcze nasz, jeśli zapominamy, że ten Ojciec ma również inne dzieci, które są naszymi braćmi.

Pewnego popołudnia w lipcu 1968 r. zdarzyło mi się, że byłem sam z Ojcem Pio na werandzie. Ojciec Pio odpoczywał, a ja zadałem mu głupie pytanie: "Ojcze duchowny, co właściwie zamierzałeś uczynić, tworząc Grupy Modlitwy?" Ojciec Pio obdarzył mnie badawczym i litościwym spojrzeniem i odpowiedział: "Przyprowadzić dusze do Pana Boga... zachęcić je do modlitwy... do modlitwy wspólnej... modlitwy z Jezusem".

Dodałem:
"Ojcze, to, co mówisz, jest prawdą, lecz nie było potrzeby organizować grup, które w pewnych miejscach przysporzyły problemów i wywołały plotki".
Ojciec Pio, prostując moje spostrzeżenie, powiedział:

"Nie organizowałem grup; zaprosiłem dusze do wspólnej modlitwy, tak jak chce Pan Jezus. To oczywiście irytuje szatana, który jest zawsze gotów sprowadzić udręczenie. Zawsze polecałem i pragnąłem, żeby grupy prowadziły chrześcijańskie życie w rodzinach i społeczeństwie, rozwijały braterską miłość, troszczyły się o wzrost życia duchowego zgodnie z duchem franciszkańskim i we wszystkim były podporządkowane i posłuszne Kościołowi".

Dlatego głównym pragnieniem Ojca Pio było życie na co dzień według wskazań ewangelicznych w rodzinie i w świecie i w łączności z Panem Bogiem Źródłem łaski i dobra, miłości i pokoju.

Zwykle mówił: "Jeśli jesteście moimi dziećmi, będziecie się modlić każdego wieczoru ze swoją rodziną. Odmawiajcie różaniec ku czci Matki Bożej. Raz na tydzień albo przynajmniej raz w miesiącu zbierajcie się razem w kościele parafialnym lub w innym kościele, odmawiajcie różaniec, uczestniczcie z nabożeństwem we mszy świętej, słuchajcie, rozważajcie i żyjcie Słowem Bożym przekazanym przez duszpasterza; przystępujcie do Komunii świętej jeśli możliwe to adorujcie przez godzinę Pana Jezusa w Najświętszym Sakramencie".