Bracia i siostry!
Jak jego życie, tak też jego modlitwa jest dla innych, bardziej dla nich niż dla niego samego.
26 listopada 1913 r. ojciec Pio prosi ojca Agostina, aby zapewnił pewne dusze, że "nieustannie" poleca je Panu: "Bardziej modlę się za nie niż za siebie". Mówi jaki jest powód: "Moja niegodziwość nie pozwala mi prosić o więcej łask, bo staję się coraz mniej zasługującym na wzrastanie łask niebieskich". I znów pisze do ojca Agostino 16 lutego 1915 r.:
"Gdyby modlitwa za innych nie zawierała także modlenia się za siebie, to z pewnością w mej duszy panowałaby najgłębsza ciemność. A to nie dlatego, że nie odczuwam potrzeby Bożej pomocy, lecz ponieważ brakuje czasu na przedstawienie Panu potrzeb tej duszy. Wydaje się to niemożliwe, a jednak wciąż jest dla mnie czymś zwyczajnym".

Godna uwagi jest jego modlitwa błagalna.
Ojciec opisuje siebie w liście z 8 września 1913 r. jako tego kto ciągle "żebrze i uprasza o łaski u bram Bożego miłosierdzia".
Wspomina o cierpliwości Boga, który "musi znosić natręctwo tego nędznika". Niesienie pomocy innym odczuwa jak "gorączkę", która go "powoli spala".
Wybucha: "Ileż obrazy doznaje Jezus od ludzi! Czuję jak krew mrozi się w żyłach, gdy pomyślę, że tak wielką miłość Jezusa odpłaca się w ten sposób... Wołam do Pana niebieskiego, by... położył kres światu albo tej niegodziwości". Opisuje siebie jako Mojżesza, który tylekroć błaga, "żeby nie powiedzieć, że zawsze": "Przebacz temu ludowi".

Szczegół, który ojciec Pio uważa za "dziwne zjawisko" w swej modlitwie: zapomina o osobach, które mu polecono i ma przed oczami konkretne osoby, zupełnie nieznajome, za które ma się modlić.
- Np. 20 grudnia 1913 r. pisze:
"Podczas modlitwy zdarza mi się zapomnieć o osobie, za którą polecono mi się modlić (ale nie o wszystkich) bądź za którą miałem zamiar się modlić. Usiłuję przede wszystkim oddać się modlitwie i polecać Bogu tę czy inną osobę, ale zaraz gdy zaczynam się modlić w umyśle powstaje zupełna pustka i nie pozostaje nawet śladu tego, co przecież leżało mi na sercu".

"Kiedy indziej znowu w czasie modlitwy odczuwam, że jestem pobudzony do modlenia się za kogoś, za kogo nie miałem zamiaru się modlić, a ... č czasem za kogoś, kogo w ogóle nie znam, nigdy nie widziałem, ani o nim nie słyszałem, kto nawet nie polecał się przez kogoś innego. Wcześniej czy później Pan zawsze wysłuchuje te modlitwy".

Życie modlitwą stanowiło środek ciężkości jego apostolatu, było zwornikiem nadającym spoistość jego duchowej budowli, było spełnieniem jego "wielkiej misji" dzięki jednemu z najskuteczniejszych obowiązków. Ściśle określił go Paweł VI podczas audiencji udzielonej 20 lutego 1971 r. definitorom generalnym kapucynów:
"Był człowiekiem modlitwy i cierpienia".