"Przyjdź, siostro moja, o śmierci cielesna!" - tak modlił się u kresu swoich dni św. Franciszek z Asyżu, który świadom, że zbliża się godzina rozstania z tym światem i czując, że od Pana "oddziela go tylko nikła powłoka ciała" - pragnął śmierci.

Możemy przypuszczać, że u ojca Pio, naśladowcy św. Franciszka w XX wieku było to samo pragnienie. Zapewne wiele razy, z całą szczerością i prostotą swej wiary wypowiadał tę modlitwę. On pragnął śmierci nie tyle z powodu wielorakich cierpień, którym był poddany, ale mając swoiste doświadczenie życia, które jest po drugiej stronie, pragnął zjednoczyć się z Bogiem i do Niego nieodwołalnie przynależeć. Był więc i w tym naśladowcą Serafina z Asyżu, choć przyszło 1u żyć w innym okresie dziejów, w o wiele dłuższym czasie trwania stygmatów - bo aż przez 50 lat. O. Pio aż przez tyle lat był ukrzyżowany w swoim ciele, z woli Bożej Opatrzności poddany próbie, przekraczającej wprost ludzkie możliwości wytrzymania bólu i cierpienia. Skupiony na modlitwie doczekał się dnia, w którym wypadało wspomnieć 50-tą rocznicę stygmatyzacji 20 września 1968 r.

Postanowiono nie urządzać z tej okazji żadnej okolicznościowej uroczystości. Tylko ołtarz tonął w czerwieni róż, którymi został przyozdobiony przez przedstawicieli Grup Modlitwy. Przyozdobiono też krzyż na chórze, przed którym dokonała się 50 lat temu stygmatyzacja. W tym dniu Jubilat-stygmatyk odprawił cichą Mszę św. o godzinie piątej rano. Kościół, mimo wczesnej pory był wypełniony wiernymi. Panowało doskonałe skupienie modlitewne. Z polecenia władz miejskich udekorowano miasto San Giovanni Rotondo flagami, a na murach rozwieszono okolicznościowe plakaty. Wieczorem tego dnia urządzono procesję ze świecami. W ten sposób wyrażano wdzięczność Bożej Opatrzności za dar ojca Pio, a także cześć dla jego osoby. W procesji wzięli udział członkowie rady miejskiej z syndykiem na czele.

Na placu, obok klasztoru i przed oknem celi ojca Pio zaczęto wznosić okrzyki: "Niech żyje ojciec Pio!", "Ojcze, pobłogosław nam!" Okno jednak nie otworzyło się. Była późna pora i myślano, że O. Pio już odpoczywa. Następnego dnia O. Pio zapytał współbraci: "Co to za krzyki były wczoraj pod moim oknem?" Wiedział chyba dobrze, co to było.
21 września O. Pio był tak słaby, że nie mógł odprawić Mszy św. Przyniesiono mu Komunię św., którą przyjął z wielką pobożnością i czcią. Atak astmy był tak mocny, że nie mógł oddychać. Czuwali przy nim: lekarz dr Sala, O. Gwardian i inni współbracia. Obawiano się najgorszego. Kiedy atak minął, czuwający odeszli do swoich zajęć.
W tych dniach odbywał się, w San Giovanni Rotondo kolejny kongres Grup Modlitwy. W ostatnim okresie zarejestrowano istnienie 740 kongregacji Grup Modlitwy liczących około sto tysięcy członków.

W dniu 22 września O. Pio odprawił Mszę św. w asyście O. Peregryna, o. Honorata i o. Walentyna, którzy usługiwali mu - zgodnie z dotychczasową tradycją - w charakterze diakona i subdiakona. O. Pio był bardzo utrudzony. Widać było na rękach zagojone stygmaty. Tym razem utrudzenie nie wynikało z cierpienia z powodu ran, ale raczej z wyczerpania sił i starczego wieku. 1 w tym dniu, choć była dopiero piąta rano, kościół był wypełniony wiernymi. Panowało modlitewne skupienie. Po Mszy św. ludzie nie wytrzymali, zaczęli klaskać i wołać:
"Niech żyje o. Pio!"
Uśmiechem i słowami pozdrawiano powracającego do zakrystii ojca Pio. Biały jak ściana, ostatkiem sił pobłogosławił zgromadzonych, stojących przy bocznej balustradzie. Potem udał się na dziękczynienie i chciał udać się do konfesjonału, by wyspowiadać parę osób. Następnie wrócił do klasztornej celi.
O godzinie l0.30 rozpoczęły się obrady przedstawicieli Grup Modlitwy. O. Pio, uprzedzając swoje południowe błogosławieństwo, udzielił go zgromadzonym uczestnikom obrad tym razem wcześniej. Uczynił tak dlatego, że był bardzo zmęczony i chciał nieco odpocząć.

Wieczorem O. Pio uczestniczył we Mszy św., siedząc na krześle. Na koniec Mszy św. uniósł się - tak jak to czynił zwykle - i pochylony trwał tak przez chwilę. Nie mógł się poruszyć. Następnie uniósł prawą rękę i pobłogosławił zgromadzonych, tak jak to zwykł był czynić wieczorem każdego dnia. Było to błogosławieństwo szczególne: jak się okazało, ostatnie. Potem usiadł na wózku i został przewieziony do swej zakonnej celi. Po chwili otworzył okno i popatrzył na zgromadzonych licznie na placu wiernych: pomachał białą chusteczką.

Znowu zaczęto wołać: "niech żyje O. Pio!" "Życzymy ci wszelkiego dobra!"
Uradowany tłum wołał: "Dobranoc, ojcze, ojcze! ...". Po chwili okno zamknęło się. Było to ostateczne pożegnanie z ojcem Pio. Ludzie jakiś czas trwali jeszcze na placu, a potem w ciszy rozeszli się.

Była to ostatnia noc ojca Pio na ziemi. Świadomi jego poważnego stanu współbracia, czuwali przy nim. Jeden z nich, o. Peregryn, opowiada:
"O. Pio wezwał mnie do siebie przez radiotelefon. Zapytał mnie, która jest godzina. Otarłem z jego oczu dużą łzę i udałem się do swej celi. Następnie, tej nocy, o. Pio wzywał mnie jeszcze chyba pięć albo sześć razy. Miał czerwone oczy od płaczu, choć wydawał się być pogodny.

Około północy, zalękniony jak dziecko, prosi mnie:
"synu mój, nie odchodź, ale zostań przy mnie". Wiele razy pytał mnie o godzinę, patrzył na mnie jakimiś dziwnie rozwartymi oczyma i ściskał rękę. Następnie jeszcze raz, zapominając o godzinie, powiedział gwarą: "no dobrze, czy już czas odprawiać Mszę św.?".
Odpowiedziałem: "Ojcze duchowny, jeszcze za wcześnie". A on na to: "Dzisiaj rano ty za mnie odprawisz Mszę św."
Opowiedziałem od razu: "Ależ, Ojcze, każdego dnia odprawiam Mszę św. i modlę się w twej intencji". Następnie poprosił o spowiedź. Po niej rzekł:
"Synu mój, jeśli dzisiaj Pan wezwie mnie do siebie, to proszę moich współbraci o przebaczenie mi wszystkich zgorszeń, jakie dałem. Proś także współbraci i duchowych synów o modlitwę za moją duszę!"
Na pocieszenie odpowiedziałem:
- Ojcze duchowny, jestem pewien, że Pan da ci żyć jeszcze długo, ale gdybyś miał rację, to proszę o błogosławieństwo dla współbraci, dla duchowych synów i córek, dla wszystkich chorych.
A on na to tak:
- "Tak, błogosławię wszystkich. Poproś przełożonego, by udzielił mi ostatniego błogosławieństwa".
Potem o. Pio udzielił błogosławieństwa swoim krewnym i odnowił profesję zakonną. Była godzina pierwsza po północy, gdy rzekł do mnie:
- "Słuchaj, synu, leżąc w łóżku źle oddycham. Pomóż mi wstać. Na krześle oddycha się lepiej".

O. Pio zwyczajnie wstawał bardzo wcześnie, około 3-4 godziny przed Mszą św., aby się do niej przygotować. Tym razem, ku zdumieniu otoczenia, wstał i podtrzymywany przez współbrata wyszedł na korytarz klasztorny. W pewnym momencie szedł sam.

Przechodząc obok swej celi, rzekł:
- "Chodźmy, ojcze, na chwilę, na klasztorny taras".
Była to niewielka, oszklona weranda. Wyglądało na to, jakby czegoś szukał. Potem, po około pięciu minutach, chciał wrócić do celi. O. Peregryn opowiada dalej: Chciałem mu pomóc i dodałem: Ojcze nic się nie martw, jakoś to będzie. Usadowiłem go na wózku i wróciłem na chwilę do swej celi. Gdy przyszedłem, zauważyłem, że o. Pio zaczął blednąć. Na czoło wystąpił 1u zimny pot. Przeraziłem się na dobre, gdy zauważyłem, że jego usta stają się sine.
Powtarzał tylko nieustannie: "Jezus, Maryja". Coraz bardziej słabł jego głos. Chciałem pójść zawołać drugiego współbrata, ale on widząc mój zamiar, zatrzymał mnie: - "Nie budź nikogo!"
Odszedłem jednak i pośpieszyłem do współbraci. On widząc mnie od-chodzącego, stanowczym głosem rzekł:
- "Mówię ci, nie budź nikogo!"
Nie chcąc, by powtórzył jeszcze raz te słowa, wróciłem. On mimo to, powtórzył jeszcze raz:
- "Nie budź nikogo!"
Nie wytrzymałem i dodałem od siebie :
- Ojcze duchowny, w tej chwili pozwól mi, że zostawię cię na chwilę i zaraz wrócę...

U dałem się do przełożonego, zapukałem do drzwi i powiedziałem:
Ojcze, O. Pio czuje się bardzo źle... Wygląda, że to już koniec...
Po kilku minutach, a była godzina druga po północy, o. Gwardian przybył do celi ojca Pio. Wezwano też lekarza, doktora Salę i współbraci...

O. Gwardian tak opowiada swoje wrażenia:
"Wszedłem do celi ojca Pio, gdzie był już O. Peregryn, dr Sala, brat Wilhelm. O. Pio siedział na fotelu: oczy zamknięte, głowa lekko pochylona; z trudem oddychał. Ująłem go za prawą rękę. Była już zimna. Zwróciłem się do niego:
- Ojcze, Ojcze!
Nie odpowiedział na moje wezwanie. Być może już nie słyszał i nie był świadom mojej obecności. Popatrzyliśmy wszyscy na siebie. Widać było, że to już koniec". O. Gwardian wezwał ojca Rafała, spowiednika ojca Pio od wielu lat. W tym czasie przybyli jeszcze inni współbracia, i drugi lekarz, dr Scarale. O. Pio oddychał z wielkim trudem. Udzielono mu Sakramentu Namaszczenia Chorych.

Dr Sala ujął rękę ojca Pio i odczuł, że zanikły puls powraca... Było to jednak złudzenie. Obecni odmawiali modlitwy za konających i akty strzeliste:
"Jezu, Maryjo i Józefie Święty, Wam oddaję duszę i ciało moje! Jezu, Maryjo, Józefie Święty, bądźcie ze mną w chwili mego konania! Jezu, Maryjo, Józefie Święty, niech Wam oddam ostatnie tchnienie moje i spocznę w pokoju!"
Tymczasem wypogodniała twarz ojca Pio. Skłonił słodko głowę. Dr Sala ponownie ujął jego rękę i oświadczył: odszedł! Była godzina 2.30 po północy rozpoczynającego się dnia 23 września 1968 r. Zakończyło się życie doczesne ojca Pio.

Odszedł do wieczności w 81-ym roku życia, 65-tym życia zakonnego, 58-ym kapłaństwa, 50-tym stygmatyzacji.

Bolesna i smutna wieść lotem błyskawicy obiegła San Giovanni Rotondo, Italię i świat, napełniając bólem i żalem tych, którzy go znali i kochali, którzy za jego pośrednictwem odnaleźli drogę do Boga.

W 10 minut po śmierci w obecności lekarza i współbraci zrobiono zdjęcia jego rąk, nóg i boku.
23 września o godzinie 8.30 otwarto kościół. Ogromna rzesza ludzi oczekiwała przed głównymi drzwiami świątyni. Wszyscy chcieli jeszcze raz zobaczyć ciało ojca Pio.

Uroczystości pogrzebowe odbyły się 26 września 1968 r. o godz. 15.30.

W pogrzebie wzięły udział nieprzeliczone wprost rzesze wiernych. Kondukt pogrzebowy wyruszył z kościoła Matki Bożej Łaskawej i przeszedł ulicami miasta, a następnie powrócił do świątyni. Mszy świętej przewodniczył generał zakonu kapucynów, O. Klementyn z Vlissingen.

W koncelebrze wzięło udział 24 kapłanów, w tym biskupi z Foggii i Lucery. Kazanie wygłosił O. Klemens z Santa Maria in Punta, definitor generalny i administrator apostolski zakonnej prowincji kapucynów w Foggii.
Na końcu Mszy św. odczytano telegram nadesłany z Watykanu: "Na wiadomość o zgonie ojca Pio Ojciec św. Paweł VI, Najwyższy Pasterz Kościoła, składa wyrazy współczucia i zanosi modły do Pana, aby swego wiernego sługę obdarzył wieczną koroną sprawiedliwości, by obdarzył pociechą strapionych członków zakonnej wspólnoty , lekarzy i pracowników szpitala pod nazwą "Dom Ulgi w Cierpieniu", a także wszystkich mieszkańców San Giovanni Rotondo. Ojciec św. udziela Apostolskiego Błogosławieństwa. Kardynał Cicognani".

Około godziny 22.30 doczesne szczątki ojca Pio złożono w krypcie pod głównym ołtarzem.

"Życie Twoich wiernych, o Panie, zmienia się, ale się nie kończy" tak modli się Kościół w prefacji Mszy św. za zmarłych Nie skończyło się również życie ojca Pio, który w oznaczonym przez Opatrzność czasie przeszedł z tego świata do nowego życia.

"Z Chrystusem przybity do Krzyża" O.Gracjan Majka OFMCap, wyd. OO.Kapucyni, Kraków 1992 str. 124-127