Zakonnicy jednak bardzo szybko przekonali się, że rozwagi nigdy dość, zwłaszcza gdy chodzi o rzeczy najwiętsze. Ludzie muszą nieustannie borykać się ze skutkami grzechu pierworodnego, a wokół nich krążą nieustannie watahy diabłów, zawsze gotowych zaatakować tych, którzy mają odwagę podnosić oczy ku niebu.

Jak już powiedziano, Ojciec Pio nosił rękawiczki bez palców. Ale w czasie sprawowania Najświętszej Ofiary musiał podnosić ręce i stojący najbliżej ołtarza mogli wtedy zauważyć krew na wewnętrznej stronie jego dłoni.
Wieść o stygmatach rozeszła się jak iskra po ściernisku. Do San Giovanni Rotondo zaczęły spieszyć tłumy ludzi. Pisała o tym także prasa. Pierwszym dziennikarzem, którzy przyjechał do San Giovanni Rotondo, był Roberto Trevisani z dziennika "Il Mattino", wychodzącego w Neapolu. Numer tejże gazety z dwudziestego czerwca 1919 roku ozdabiał nagłówek złożony majuskułą, w którym Ojca Pio praktycznie nazywano oszustem. Tak miała się rozpocząć jego kolejna Golgota. Przez dwa lata stygmatyzowanego zakonnika badali nieustannie, od stóp do głowy, specjaliści przysyłani najpierw przez prowincjała, a później przez generała kapucynów. Ordynator szpitala w Barletcie, profesor Romanelli, oświadczył, że ran Ojca Pio nie sposób zaklasyfikować do żadnej ze znanych medycynie kategorii. Dodał także: "Rany te mają zupełnie inne źródło, ale ja go nie znam".

Inny lekarz, Amico Bignami, kierownik katedry anatomopatologii uniwersytetu w Rzymie, przysłany przez Święte Oficjum, typowy przedstawiciel pozytywizmu, jakkolwiek zdumiony doskonałą symetrią ran, jednak wypowiadał się o nich sceptycznie. Napisał, że mogła to być sugestia - typowe słowo--wytrych, mające rozgrzeszać niemoc oficjalnej medycyny. Wybitny neurolog, Lasegue, zwykł mówić, że "histeria to kosz, do którego wrzuca się wszystkie kartki, które nie wiadomo, jak sklasyfikować". Bignami przez osiem dni próbował leczyć Ojca Pio, opieczętowując każdego ranka bandaże w obecności świadków, ale z ran ciągle wypływała świeża krew, tak jakby rana dopiero co została zadana.

Pomimo tego wszystkiego (czyli mimo oczywistości) luminarz medycyny nie zmienił swego zdania, przygotowując raport, będący kwintesencją sprzeczności. Przed wyjazdem zapytał oschle Ojca Pio, dlaczego rany powstały właśnie w tych, a nie innych miejscach. Ten odpowiedział mu z franciszkańskim spokojem: "Panie profesorze, czy może pan, będąc uczonym, podać mi choć jeden powód, dla którego miałyby się pojawić w innych miejscach?"

Generał kapucynów Ojciec Venanzio da Lysle wysłał do niego jeszcze innego specjalistę, Giorgia Festę, który zgodnie ze wszystkimi zasadami sztuki konsultował się z dwoma innymi specjalistami. Festa upewnił się przede wszystkim, czy Ojciec Pio nie był histerykiem, stwierdził jednak, że jest całkowicie zrównoważony. Odnotował ból, jaki zakonnik odczuwał, kiedy dotykano ran, oraz trudności z chodzeniem z powodu zranionych stóp. Dokładnie zbadał rany. Miały gładkie krawędzie; nie zauważył, aby wykazywały tendencję do zasklepienia się, chociaż nie były wielkie. Wykluczył kategorycznie jako ich prryczynę uraz mechaniczny oraz działanie środków chemicznych. Zauważył także, że zakonnik odczuwał upokorzenie z powodu swych ran i usiłował ignorować i rany, i ból. W końcowym raporcie Festa napisał: "Rany te mają przyczynę, której nauka nie jest w stanie wyjaśnić".

Po roku ponownie odwiedził zakonnika, potwierdzając swoje wcześniejsze ustalenia. Mało tego, po siedmiu latach, w 1925 roku, miał ponownie okazję do zbadania stygmatów. Ojciec Pio musiał poddać się operacji usunięcia przepukliny i prosił, aby on właśnie przeprowadził zabieg. Odmówił jednak poddania się narkozie, aby nie dać okazji do oglądania ran. Festa skorzystał jednak z tego, że Ojciec Pio utracił z bólu przytomność, i dokładnie obejrzał je. Otwarte i krwawiące stygmaty wciąż były tam, gdzie zobaczył je po raz pierwsry. Od krawędzi rany na piersi rozchodziły się krótkie błyski. I jeszcze ciekawostka. Festa zatrzymał usuniętą przepuklinę jako relikwię. Została ona ostatnio odnaleziona przez dziennikarza Enrico Malatestę, autora dwóch książek o Ojcu Pio.

Tym, który rozgłaszał radośnie wieść o stygmatach, był sam przełożony konwentu. Biedny człowiek nie posiadał się z radości, że ma w klasztorze świętego. Nowy generał zakonu Ojciec Giuseppe da San Giovanni in Persiceto ostudził jego zapędy. Rozzłoszczony tym, że treść relacji profesora Romanellego przedostała się do prasy, zabronił pod karą grzechu ciężkiego dalszych odwiedzin lekarskich i nadawania sprawie rozgłosu. Dzięki informacjom zamieszczanym w prasie coraz liczniejsze tłumy pielgrrymów przybywały do San Giovanni Rotondo. Wielu prosiło o przedmioty należące do Ojca Pio. Zakonnicy wielkodusznie dawali je proszącym. Wobec czego prowincjał nakazał, aby wszystkie jego rzeczy trzymano pod kluczem. Jego następca, Ojciec Paolino da Casacalenda, podtrzymał ten nakaz. Było już jednak za późno. Mieszkająca w tej okolicy pewna szlachetnie urodzona dama, Nina da Campanile, duchowa córka Ojca Pio, postępując zgodnie z noszonym nazwiskiem, robiła wszystko co możliwe, aby wiadomość o stygmatach rozbrzmiewała na wszystkie strony [gra słów: campanile - dzwonnica - przyp. tłum. ] .
Dla Ojca Pio (który w jednym z listów pochodzących z tego okresu określał sam siebie jako "ten, który dźwiga krzyż za wszystkich") nastał czas niezmordowanej działalności, którą będzie wypełniona większa część jego życia. Spowiadanie nawet szesnaście godzin dziennie, tysiące listów z prośbą o jakąś łaskę, niekończące się odwiedziny, także wysoko postawionych osobistości. Ordynariusz diecezji Melfi przybył, aby ucałować jego dłonie. Kardynał Gasparri, sekretarz stanu za pontyfikatu Benedykta XV, napisał do niego list, polecając jego modlitwom pewną rodzinę. Sam papież poprosił dla swojej krewnej o jakiś przedmiot należący do niego oraz o modlitewną pamięć w czasie Mszy świętej.

Im skuteczniejszy był jego apostolat, tym bardziej denerwowali się jego ciągle sceptyczni przeciwnicy. Cóż, naśladowanie mistrza prowadzi do tego, że również uczeń staje się "znakiem sprzeciwu", aby "na jaw wyszły zamysły serc wielu" (Łk 2,35). Z pewnością rany nie były dla niego źródłem przyjemności. Jeden z jego duchowych uczniów usłyszał kiedyś zwierzenia Ojca Pio na ten temat: "Kiedy pozwalam sobie na trochę snu - powie, wskazując na dłonie - ich ból wzmaga się nie do wytrzymania". Patrząc na wyraz jego twarzy podczas pisania listów można się było domyślić, że nawet trzymanie pióra kosztowało go wiele wysiłku.

Zapytał go kiedyś pewien jezuita, jak to się dzieje, że nie traci pokory, skoro otrzymał tak wielkie duchowe dary. Ojciec Pio wybuchnął śmiechem: "Wyobraź sobie, że ktoś wręczył ci piękny złoty zegarek, żebyś go zawiózł do Mediolanu do naprawy. Ty zaś wyciągasz go z kieszeni i z dumą pokazujesz wszystkim, jakby był twoją własnością. Czy nie byłbyś głupcem? Jeśli zaś zatrzymałbyś go sobie, czy nie byłbyś złodziejem?" Do Świętego Oficjum dotarła relacja profesora Romanellego. Wysłuchano także zdania prałatów, twierdzących, że przez rany Ojca Pio można patrzeć na wylot, że z ran płynie krew w takiej ilości, iż normalny człowiek już dawno by się wykrwawił.

Docierały i inne opinie.
Stygmatami zajęła się prasa brukowa, natomiast katolicka (najzupełniej słusznie) nie podejmowała tego tematu. W San Giovanni Rotondo jedno po drugim rozkwitały nawrócenia: komunistów, masonów, zatwardziałych grzeszników. Nawróceni opowiadali wszystkim o swojej drodze do Boga, otrzymanych łaskach, uzdrowieniach, tajemnicach serca znanych Ojcu Pio, spełnionych proroctwach.
Markiz Marco Di Giacomo, nawróciwszy się dzięki Ojcu Pio, zapisał mu cały swój majątek. Cała rodzina byłego pułkownika rosyjskiej armii carskiej Katerinowa mieszkająca we Włoszech pragnęła zostać przyjęta do pełnej jedności z Kościołem katolickim przez Ojca Pio.
Sławny niewidomy pisarz Nino Salvaneschi odzyskał wzrok dzięki niemu ("pisz odtąd tak, aby twoje dzieła trafiały do serca" - polecił mu zakonnik).
Pewien opętany zaczął kiedyś krzyczeć w kościele pełnym ludzi, że modlitwy zanoszone do Boga z tego klasztoru wydzierają diabłu dusze z piekła, a "pokora tego zakonnika" przeraża go tak jak "pokora świętego Michała".

Dwudziestego czwartego czerwca 1920 roku do San Giovanni Rotondo przyjechał arcybiskup Simly Edward Kenealy, człowiek odnoszący się raczej nieufnie do wszystkiego, co pachniało cudownością. Jak się wydaje, był osobistym wysłannikiem papieża. Poddał Ojca Pio pięciogodzinnemu surowemu przesłuchaniu. Na koniec upadł przed nim na kolana i poprosił o błogosławieństwo. Wydarzenie to odbiło się szerokim echem na łamach prasy brytyjskiej.

Nie był on jedynym dostojnikiem Kościoła, który przybył do San Giovanni Rotondo. Niemało było takich, którzy wracali pewni, że widzieli świętego. Przybyło tam trzech kolejnych generałów zakonu kapucyńskiego: Ojciec Venanzio da Lysle, Ojciec Giuseppe da San Giovanni in Persiceto i Belg Ojciec Donat Van Welle.
Ojciec Bernardo da Apicella, komisarz apostolski dla prowincji zakonnej w Foggii, napisał: "Nie rozumiem, dlaczego Święte Oficjum zatrzymuje mnie jeszcze w Foggii jako przełożonego, skoro wszystkie dokumenty, które zebrałem i nadal gromadzę na temat Ojca Pio, jednoznacznie wskazują na prawdziwość jego cnót i darów".

Do Ojca Pio przybył także prefekt Najwyższego Trybunału Administracyjnego kardynał Silj. Odjeżdżał pod wrażeniem jego postaci. Papież wysłał wówczas dyskretnie wizytatora apostolskiego prałata Benvenuto Cerrettiego, który po dokładnych badaniach wrócił pełen entuzjazmu dla Ojca Pio. W końcu do zakonnika przekonał się także papież Benedykt XV, a do jednego z konsultorów Świętego Oficjum, żywiącego w dalszym ciągu pewne obiekcje, powiedział: "Dochodzę do wniosku, że Ojciec Pio prowadzi dusze do Pana. Tak długo, jak będzie to jego misją, moim zadaniem będzie stać u jego boku". Innemu z doradców, także zalecającemu ostrożność, odpowiedział: "Dobrze jest być ostrożnym, niedowiarkiem natomiast - źle".
Aby zapewnić Ojcu Pio minimum koniecznego spokoju, zabroniono komukolwiek badania jego stygmatów bez pisemnego pozwolenia Świętego Oficjum.

Adwokat Cesare Festa był jednym z tych, którzy słyszeli z ust papieża słowa aprobaty dla Ojca Pio. Był ważną osobistością masonerii (przewodniczącym masońskiego trybunału Ligurii), a także kuzynem doktora Festy, który badał zakonnika. Zaciekawiony sprawą, o której wiele słyszał, przyjechał do targano. Gdy tylko Ojciec Pio ujrzał go (stojącego w wielkim tłumie), zbliżył się do niego i zapytał, czy przypadkiem nie jest wolnomularzem. On zdziwiony potwierdził. Ojciec Pio zapytał go, czym zajmuje się w loży. Festa z całą szczerością wyznał, że jego zadanie polega na utrudnianiu życia Kościołowi na wszelkie możliwe sposoby. Wówczas zakonnik wziął go na bok i z miłością wyjaśnił mu treść przypowieści o synu marnotrawnym, a następnie wysłuchał jego spowiedzi. Od tej chwili już eks-mason podniósł się z klęczek w pełni nawrócony, pragnąc tylko jednego - naprawić całe zło, które dotąd czynił. To właśnie jemu powie później papież: "Tak, Ojciec Pio to prawdziwie mąż Boży. Niektórzy powątpiewająca to, ale pan przyczyni się do tego, aby wszyscy go poznali".

Krzewienie wiedzy o Ojcu Pio stało się życiowym powołaniem Cesarego Festy. Było to trudne zadanie, ponieważ jego ex"bracia", po osądzeniu go i usunięciu z loży (kara doprawdy humorystyczna, skoro opuścił ją z własnej woli), starali się na wszelkie sposoby utrudnić mu życie. Cesare Festa jednak nie obawiał się ich. Rankiem w dniu, w którym miał stanąć przed trybunałem masońskim, poczuł silny zapach, nieomylny znak mistycznej obecności Ojca Pio ("cukierki dla dzieci", jak z uśmiechem nazywał go zakonnik), a w skrzynce znalazł list nadany w San Giovanni Rotondo, zawierający tylko jedno słowo: "Odwagi!" Jego pielgrzymce do Lourdes towarzyszył sarkazm gazety "L'Avanti", która zamieściła artykuł pod tytułem: "Mason pielgrzymuje do Lourdes". Po powrocie wstąpił do Swieckiej Rodziny Franciszkańskiej.

Tymczasem tłum napływający codziennie do San Giovanni Rotondo zaczął przekraczać wszelkie granice. Ojciec Pio musiał poruszać się w eskorcie karabinierów, ponieważ ludzie usiłowali całować jego dłonie albo odciąć kawałek jego habitu. Zabierano natychmiast wszystko, czegokolwiek dotknął, łącznie z kawałkami ławki, na której siadał.
Pielgrzymi gotowi byli na niewiarygodne ofiary, byleby tylko móc go zobaczyć. A w wiosce brakowało wszystkiego, nie było hoteli, noclegów, restauracji. Nie było nawet ulic. Ludzie tysiącami spali na polach pod gołym niebem, aby jeszcze przed świtem zarezerwować sobie miejsce do spowiedzi u stygmatyzowanego zakonnika. Docierali do San Giovanni Rotondo wszelkimi możliwymi sposobami.
Przychodzili pieszo, przyjeżdżali w kolasach albo na mułach. Aby zapewnić sobie pierwsze miejsce do spowiedzi, wskakiwano przez okna, posługiwano się wytrychami, chowano pod ławkami. Bracia znajdowali ludzi wszędzie: w refektarzu, w celach zakonników, w ubikacjach.
Stary konfesjonał bardzo szybko okazał się niewystarczający. Pio spowiadał w zakrystii, potem na korytarzu, a później na zbudowanym specjalnie w tym celu drewnianym podium.

Dla "oświeconych" umysłów wszystko to było solą w oku. "Fanatyzm" - wzruszali ramionami. Widocznie te "oświecone" umysły nie zaznały nigdy rozpaczy spowodowanej nieuleczalną chorobą albo pasmem niekończących się duchowych cierpień. Jeżeli masz nowotwór w ostatnim stadium i każą ci poddać się czternastu operacjom mózgu, zapewniając cię, że wyzdrowiejesz, to co zrobisz? Bez dwóch zdań zgodzisz się na wszystkie. A jeśli powiedzą ci, że w Apulii jest zakonnik, który może cię uzdrowić w jednej chwili, wystarczy, że go o to poprosisz albo go dotkniesz- czy będziesz fanatykiem, jeśli pojedziesz do niego? Czy ludzie, którzy chcieli, aby choć cień Piotra padł na nich, byli zabobonni? Nawet święty Piotr nie był Bogiem, a jednak mocą Bożą uzdrawiał. Podobnie Ojciec Pio.

Zasadniczym punktem oskarżenia przeciwko Ojcu Pio było to, co działo się wokół niego. Wśród tłumów ludzi czasami dochodziło do bójek. Z pewnością nie było to budujące widowisko, temperament południowców dochodzi do głosu zwłaszcza wtedy, gdy idzie o rzeczy dla nich ważne, a do takich spraw z pewnością należy religia.
Uczuciowość zaś to ich sposób wyrażania tysiącletniego do niej przywiązania. Ich ojców na pewno nie nazywano fanatykami lub ludźmi zabobonnymi, kiedy szli na śmierć w obronie kapłanów i wiary katolickiej przeciwko wojskom Napoleona, a później Piemontczykom, dokonującym kasat zakonów, biskupów zaś posyłającym do więzień. Naturalnie, to były inne czasy, podobnie jak wtedy, gdy do Jezusa cisnęły się ze wszystkich stron tłumy, które usiłowały Go dotknąć, "ponieważ moc wychodziła od Niego i uzdrawiała wszystkich" (Łk 6,19).

Zresztą wokół Ojca Pio tłoczyli się nie wyłącznie mieszkańcy południa Włoch. Wkrótce musiano przysłać zakonników władających językami obcymi, ponieważ na dziedzińcu klasztornym można było usłyszeć wszystkie znane języki. Musiano także zorganizować jak najszybciej w klasztorze małą pocztę, z gotowymi już odpowiedziami na listy, ponieważ niepodobna było poradzić sobie z całą korespondencją kierowaną do Ojca Pio: "Ojciec Pio zapewnia o modlitwie i zalecają..." Penitenci otrzymywali ponumerowane kartki do spowiedzi, a służba porządkowa troszczyła się o zachowanie szacunku należnego miejscu świętemu.
Ojciec Pio odprawiał Mszę świętą o godzinie piątej rano, ale ludzie stali pod drzwiami kościoła już od północy, nawet na deszczu albo na śniegu.

Dokładnie o czwartej czterdzieści pięć brat zakrystian odsuwał, posługując się kijem, zasuwę w drzwiach kościoła. Trzymał się na odpowiednią odległość, ponieważ tłum otwierał gwałtownie drzwi i wpadał kościoła. Ponieważ wcześniej kilkakrotnie go przewrócono, pilnował się, aby zawczasu usunąć się ludziom z drogi.
Jednak gdy ludzie weszli już do kościoła, natychmiast zapadała cisza i wszystkich ogarniało skupienie. Kiedy z zakrystii wychodził Ojciec Pio, robiło się cicho jak makiem zasiał. W ten sposób zaczynała się Msza święta, słynna, trwająca godzinami Msza święta Ojca Pio, w czasie której wszyscy wstrzymywali oddech.