Ojciec Pio zmarł 23 września Na wieść o śmierci Ojca Pio, papież Paweł VI wystosował telegram kondolencyjny następującej treści:
"Ojciec święty z wielkim ojcowskim bólem przyjął wiadomość o odejściu z tego świata Ojca Pio z Pietrelciny i modli się do Boga, aby nagrodził Swego wiernego sługę wiekuistą koroną sprawiedliwości..."
Słowa te znalazły potwierdzenie 2 maja 1999 r. kiedy to papież Jan Paweł II ogłosił Stygmatyka z Pietrelciny - błogosławionym.

Wieść o śmierci niezwykłego kapłana-stygamtyka obiegła cały świat. Ludzie tłoczyli się przy trumnie poszukiwanego spowiednika i cenionego kierownika duchowego. Stutysięczny tłum ludzi otaczał całe miasteczko San Giovanni Rotondo.
Pogrzeb rozpoczął się od oddania honorów przez wartę policyjną. Z helikoptera rzucano kwiaty. Ulice były również przystrojone kwiatami i fotografiami niezwykłego zakonnika. W różnych punktach trasy konduktu żałobnego wygłaszno przemówienia i czytano nadesłane z całego świata telegramy od przywódców państw, naukowców i artystów.

Mszy świętej przewodniczył generał Zakonu Kapucynów o.Clemens da Vlissingen, a w koncelebrze wzięło udział dwudziestu czterech kapłanów i dwóch biskupów. Po Mszy świętej trumnę z ciałem Ojca Pio złożono pod blokiem z ciemnego marmuru w krypcie pod kościołem Matki Bożej Laskawej w San Giovanni Rotondo. Stało się to 26 września 1968 roku o godzinie 22.30.

Pogrzeb odbył się 26 września 1968 roku
Samochód wiozący trumnę z ciałem Ojca Pio, które wszyscy chcieli zobaczyć, przykryty kirem przemierzał ulice miasta, kierując się do kościoła. Samochód prowadził Guerrino Ciccarelli w towarzystwie wikarego klasztoru o. Michele Placentino. Gdy orszak wszedł do kościoła, szybko zamknięto drzwi, a tłum wiernych modlił się na zewnątrz.
Wewnątrz kościoła trumnę ułożono na podwyższeniu w pomieszczeniu w pobliżu zakrystii. Na trumnę, która dotychczas była przykryta szybą, położono nieprzezroczyste wieko i opieczętowano.

Bezpośrednimi świadkami złożenia ciała Ojca Pio do grobu byli: ks. Cunial, przedstawiciel urzędu sanitarnego dr Giovanni Grifa, osobisty lekarz Ojca Pio dr Giuseppe Sala, przełożony klasztoru o. Carmelo z San Giovanni in Galdo. Jako oficjalni świadkowie, przy udziale także innych osób, potwierdzili zamknięcie trumny zawierającej ciało Ojca Pio z Pietrelciny.

Później opieczętowaną trumnę, przeniesiono do wcześniej przygotowanej krypty, mieszczącej się pod prezbiterium kościoła Matki Bożej Łaskawej, gdzie z wielkim trudem została opuszczona do pustego kamiennego grobu, w ten sposób, że głowa Ojca Pio jest zwrócona w kierunku gór. Na grób nasunięto marmurowy blok stanowiący jednocześnie zamknięcie i ochronę. Wszystko ponownie opieczętowano.

Pochówek i zabezpieczenie grobu odbyło się w obecności i pod kontrolą dra Grifa i dra Sali, wielu współbraci, pracowników firmy Aldo Di Bari, wojewody z Foggii dra Gaprio, sędziego pokoju z San Giovanni ftotondo, komisarza policji i pani Pii Forgione-Pennelli krewnej Ojca Pio.