Ojciec Pio jest znany przede wszystkim jako człowiek naznaczony stygmatami. Można nawet powiedzieć, że jego imieniem własnym stało się określenie Stygmatyk. Cudowne znamiona Męki Pańskiej nosiło wcześniej wielu świętych i mistyków. Czasami były to tylko ślady korony cierniowej (św. Katarzyna ze Sieny, św. Weronika Giuliani), rana od pojedynczego ciernia na czole (św. Rita z Cascii). Za pierwszego znanego stygmatyka uważa się oczywiście św. Franciszka z Asyżu. Właśnie jemu chcemy przyjrzeć się bliżej, aby porównując opis jego stygmatów z tym, co wiemy o Mistyku z Pietrelciny, zrozumieć lepiej sens niezwykłych znaków Męki Pańskiej wyciśniętych na ciele Ojca Pio.

Św. Franciszek otrzymał stygmaty na dwa lata przed śmiercią, w roku 1224, podczas czterdziestodniowego postu odprawianego na górze Alwernia (La Verna) nieopodal Arezzo. Około święta Podwyższenia Krzyża podczas samotnej modlitwy przeżył tajemniczą wizję.
Ujrzał Serafina o sześciu skrzydłach ognistych i lśniących zarazem, który zstępował ku niemu z nieba. Tajemnicza skrzydlata Postać była przybita do krzyża, a jej widok napełniał Franciszka jednocześnie zdziwieniem, radością i bólem. W Serafinie Franciszek rozpoznał samego Chrystusa.

To nadzwyczajne zjawisko ma charakter wizji zmysłowej, ale towarzyszy jej wewnętrzne słowo, dzięki któremu Biedaczyna pojmuje w swoim sercu, że to widzenie zostało mu dane, aby przemienić go na podobieństwo Chrystusa Ukrzyżowanego nie poprzez męczeństwo, ale poprzez rozpalenie wnętrza.

W swoich pismach teologicznych św. Bonawentura (idąc za tradycją obecną już u św. Grzegorza Wielkiego i u teologów wczesnoscholastycznych) przypisuje Serafinom zadanie rozpalania ognia miłości (incendium amoris) w sercach wiernych. To stwierdzenie pomaga zrozumieć także mistyczne przeżycia Stygmatyka z Pietrelciny.

Jak czytamy w jednym z listów Ojca Pio do kierownika duchowego - o. Benedykta, stygmatyzacja została poprzedzona wizją o charakterze intelektualnym, która miała miejsce między 5 a 7 sierpnia 1918 roku (święto Przemienienia Pańskiego). Ojciec Pio doświadczył w niej obecności niebiańskiej osoby, trzymającej w ręku narzędzie, z którego wychodził ogień. Był to wstępny etap stygmatyzacji, w trakcie którego w sposób niewidzialny dokonało się przebicie serca Ojca Pio (transwerberacja).

Kim była tajemnicza Postać? Serafinem, który rozpala ogień miłości? Z późniejszego listu do o. Benedykta dowiadujemy się, że w dniu stygmatyzacji (20 września 1918 r.) ujrzał tę samą Osobę, lecz tym razem z bokiem, stopami i dłońmi ociekającymi krwią. A więc zarówno w przypadku św. Franciszka jak i Ojca Pio to sam Jezus Ukrzyżowany przybrał postać Serafina.

W Legendzie większej św. Bonawentura podkreśla, że od momentu stygmatyzacji Franciszek płonął wewnętrznym ogniem, który promieniował także na zewnątrz, tak iż Biedaczyna potrafił dotknięciem dłoni rozgrzać jednego ze swoich towarzyszy, aby mógł spać pośród kamieni i śniegu nie czując zimna. Można porównać to zjawisko do pożaru miłości, który u Ojca Pio przejawiał się w sposób fizyczny jako gorączka, przekraczająca niekiedy 48 stopni.
To właśnie ogień miłości jest pierwszym wewnętrznym skutkiem stygmatyzacji, obok którego wielu autorów książek o Ojcu Pio przechodzi obojętnie. Tymczasem spotkanie z Ukrzyżowanym Serafinem ma na celu nie tylko zewnętrzne upodobnienie do Chrystusa, ale raczej wlanie w serce Mistyka heroicznej miłości, która odtąd będzie go spalać jako żertwę ofiarną.

Przejdźmy teraz do zewnętrznego wyglądu stygmatów. Jak zgodnie opisują pierwsi biografowie Biedaczyny z Asyżu, jego dłonie i stopy były przebite gwoździami, które tkwiły w ranach w ten sposób, że główki znajdowały się po wewnętrznej stronie dłoni, a zewnętrznej stóp, natomiast zaostrzone końce, widoczne po stronie przeciwnej, były tam zagięte bądź zaklepane. Rany i gwoździe pozostały widoczne także po śmierci św. Franciszka i w dniu pogrzebu stały się przedmiotem czci oddawanej jego ciału przez mieszkańców Asyża. Zapisy biograficzne podają świadectwo pewnego rycerza imieniem Hieronim, który - odczuwając pewne wątpliwości co do autentyczności stygmatów - oglądał je dokładnie na ciele zmarłego, poruszał nawet tkwiącymi w dłoniach i stopach gwoździami i dotykał rany boku.

Porównując stygmaty św. Franciszka z ranami, które nosił Ojciec Pio, zauważamy od razu dwie istotne różnice. Pierwsza to nieobecność gwoździ u Ojca Pio. Bóg daje swoje znaki odpowiednio do mentalności ludzi z poszczególnych epok. Mając na uwadze skrupulatność badań, którym poddano Ojca Pio (łącznie z opieczętowaniem bandaży nałożonych na stygmaty), można się domyślać, że gwoździe tkwiące w ranach wzbudzałyby wiele podejrzeń. Tymczasem Bóg zawsze potrafi nas zadziwić: dla Niego rany są możliwe nawet bez gwoździ.

Druga różnica polega na tym, iż stygmaty u św. Franciszka (jak u większości znanych mistyków obdarzonych tym fenomenem) pozostały widoczne także po śmierci. Fakt zniknięcia stygmatów u Ojca Pio na krótko przed jego śmiercią jest interpretowany przez o. Pietro Tartaglię jako znak przyszłego przemienienia ciała, które dokona się w chwale zmartwychwstania. Z drugiej strony jest to też wyraźny znak Bożej tajemnicy: niektóre zjawiska muszą pozostać zagadką nawet dla człowieka z przełomu XX i XXI wieku. Fenomen stygmatów wymknął się tym, którzy być może mieli nadzieję na przeprowadzenie naukowych oględzin ciała, które przez lata żyło z przebitym sercem. Misterium nie da się dotknąć, zbadać ani zmierzyć.

Charakterystyczne dla obu wielkich Stygmatyków jest poczucie zawstydzenia z powodu otrzymanych znamion i pragnienie ich ukrycia. Czują się niegodni otrzymanego daru i obawiają się rozgłosu. Tomasz z Celano w Zyciorysie drugim św. Franciszka poświęca aż cztery rozdziały na epizody ukazujące, jak Biedaczyna za wszelką cenę starał się ukrywać stygmaty nie tylko przed ciekawskimi ludźmi, ale i przed współbraćmi. Św. Franciszek nosił odtąd na nogach skarpety, na dłonie zaś zsuwał rękawy tak, że widoczne były tylko końce palców. Br. Tomasz zaznacza, że ranę boku za życia Świętego zobaczył tylko jeden z jego towarzyszy, kiedy zdejmował mu habit, aby go wyprać, a z przekazu św. Bonawentury wynika, że widział ją również br. Eliasz - ówczesny przełożony generalny Braci Mniejszych.

Jak zaznaczają biografowie, Biedaczyna tylko bardzo ogólnie dał do zrozumienia najbliższym towarzyszom o niezwykłym przeżyciu, które miało miejsce na Alwerni, pytając ich o radę, jak ma dalej postępować. Wówczas brat Illuminat odpowiedział, że niektóre sekrety objawione przez Boga należy oznajmiać innym, a ich ukrywanie byłoby równie karygodne, jak zakopanie talentu otrzymanego od Pana. Św. Franciszek dzieli się więc widzeniem z najbar dziej zaufanymi braćmi, którzy w ten sposób poznają pochodzenie ran znajdujących się na jego dłoniach i stopach. Fenomen stygmatów nie jest sekretem przeznaczonym dla samego św. Franciszka, ale ma również charakter apostolski i ma przekonać ludzi, że całkowite upodobnienie do Chrystusa jest możliwe.

Uderza fakt, że zarówno stygmatyzacja św. Franciszka jak i Ojca Pio dokonuje się w tym samym okresie roku liturgicznego, to znaczy w powiązaniu ze świętem Przemienienia (objawienie chwały Chrystusa i jednocześnie zapowiedź Męki) oraz ze świętem Podwyższenia Krzyża.

Św. Bonawentura w Legendzie większej, to znaczy w oficjalnym życiorysie Biedaczyny (łac. legenda = to, co należy czytać) przeznaczonym do czytania między innymi w refektarzu podczas posiłków, podaje interesującą interpretację teologiczną stygmatów św. Franciszka. Poprzez aluzje do tekstów biblijnych Doktor Seraficki ukazuje Alwernię jako Górę Przemienienia i górę Horeb zarazem. Spędziwszy tam jak Mojżesz czterdzieści dni, św. Franciszek schodzi przemieniony na obraz Pana naszego Jezusa Chrystusa i jako Zakonodawca znosi na dół znak przymierza wypisany nie na tablicach kamiennych, ale palcem Boga w swoim ciele.

Zasadą życia braci mniejszych, którą ukazuje stygmatyzowany św. Franciszek, jest zatem naśladowanie Chrystusa ukrzyżowanego. Dla św Franciszka z Asyżu stygmaty są jakby pieczęcią Boga potwierdzającą ostatecznie jego drogę i misję, są ukoronowaniem i szczytem życia wypełnionego miłością do Jezusa. W przypadku Ojca Pio natomiast, stygmaty określają całość jego życia, stają się źródłem niezrozumienia i odrzucenia przez jednych, a jednocześnie magnesem, który przyciąga innych ludzi.
Niewątpliwie kluczem do zrozumienia stygmatów nie jest to, co zewnętrzne, ale dwie rzeczywistości, które spotykamy u obu Mistyków: ogień miłości i Krzyż Chrystusa.